Historia parafii św. Antoniego wiąże się z powstaniem Wolnego Miasta Gdańsk po I wojnie światowej. W roku 1920 mieszkańcy Gdańska Brzeźna nabyli działkę pod budowę przyszłego kościoła. Choć katolicy w Brzeźnie zwracali się w 1912 roku do Kurii Biskupiej w Pelplinie o zezwolenie na kupno działki i budowę kościoła w Brzeźnie, I wojna światowa przekreśliła ich zamiary.

Pierwszą kaplicą była nowo wybudowana sala gimnastyczna przy szkole, gdzie odprawiono pierwszą Mszę św. 1 maja 1921 r. W kilka miesięcy póżniej w październiku 1921 r. przeniesiono kaplicę do Domu Zdrojowego. Samodzielną placówką duszpasterską z własnym księdzem zostało Brzeźno 17 marca 1922 r. - decyzją Biskupa Chełmińskiego.

Budowę kościoła parafialnego rozpoczęto w czerwcu 1922 r. Dnia 10.04.1923 r. odprawiono pierwszą Mszę św. w zbudowanym kościele.

Poświęcenie kościoła odbyło się 26 października 1924 r. Konsekracji kościoła 13 czerwca 1926 r. dokonał bp E. O''Rourke. Biskup Gdański Edward O''Rourke utworzył 20 lutego 1929 r. samodzielną parafię. W 1945 r. kościół uległ częściowemu zniszczeniu. 31 marca 1946 r. nastąpiło otwarcie odbudowanego ze zniszczeń wojennych kościoła. W latach 1979 - 1986 rozbudowano kościół, który służy wiernym zamieszkałym w dzielnicy Gdańsk Brzeźno.